鱼类营养与环境生态研究中心、中国渔业发展战略研究中心、淡水水产品加工技术研发分中心（上海）、冷库及制冷设备质量监督检验检测中心、大洋渔业资源环境观测试验站、远洋渔业培训中心等农业部中心平台。拥有2个上海工程技术研究中心、3个上海高校重点实验室、1个上海高校工程研究中心、1个上海高校协同创新中心、1个上海高校知识服务平台、1个上海高校水产养殖E-研究院和1个上海社会调查研究中心等。建有国际海洋研究中心、中美（SHOU－NOAA）海洋遥感及渔业信息研究中心、淡水鱼加工利用研究室等一批国际合作平台和极地海洋适应生物与生态联合实验室、海洋经济研究中心等一批省部级共建科研平台，建有我国唯一一家拥有CNAS和CMA资质认定的船舶压载水实验室，洋山港海洋生态系统野外科学观测站、海洋测绘应用工程技术中心、食品安全研究中心等一批校级科研平台。学校在全国各地有50多个教学实践基地，包括上海市浦东新区、浙江省象山县的两个科研教学基地。
学校建有上海海洋大学海洋科学研究院，下设数字海洋研究所、海洋药物系统及神经科学研究所、海洋药物与健康食品研究所、海洋政策与法律研究所，海洋渔业遥感GIS技术实验室、海洋生态
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Sina.cn[11-10 22:33]